Būdinga, kad miego arterijos endarterektomiją lydi galvos skausmas. Paprastai skauda pusę, kurioje atlikta procedūra. Skausmas gali prasidėti praėjus kelioms valandoms. Nors priežastys neaiškios, galimi mechanizmai yra chirurginis simpatinių nervų, nusidriekusių palei arterijos sienelę operacijos vietoje, maitinimo sutrukdymas arba staigi distalinių kraujagyslių reperfuzija.