Manoma, kad dauguma migrenos priepuolių kyla spontaniškai dėl vidinio galvos smegenų kamieno mechanizmo, tik kartais yra sukeliami išorinių veiksnių. Didžioji dalis pacientų nurodo, kad galvos skausmą sukelia stresas arba (dažniau) streso pabaiga, pvz., savaitgalis arba pirmoji atostogų diena. Patofiziologinis streso įtakos migrenai pagrindas neaiškus, tačiau yra įrodymų, kad svarbiausias smegenų grandines, kurios malšina skausmą, įskaitant migdolinį kūną, aplink Silvijaus vamzdelį esančią pilkąją medžiagą, nugarinį šoninį tilto dangalą ir galvos smegenų kamieno snapinę ventromedialinę šerdį, gali sutrikdyti ūminis stresas arba atsipalaidavimo laukimas. Besileidžiančios šios grandinės projekcijos kontroliuoja nugaros smegenų ir trišakio užpakalinio rago skausmą perduodančius neuronus ir yra tiek opiatų, tiek stimuliavimo nulemto skausmo malšinimo tarpininkės. Keli skirtingi neuromediatoriai dalyvauja šios skausmo moduliavimo veiksnių (nuotaikos, dėmesio, laukimo) grandinės mechanizme.