20 proc. pacientų migrenos priepuoliai prasideda nesulaukus 10 metų. Tačiau daugumai pacientų, ypač mergaičių, migrena išsivysto ankstyvoje paauglystėje. Vaikams, kaip ir suaugusiesiems, galvos skausmą sukelia daugybė priežasčių, bet dažnesnės yra anatominės. Galimos priežastys yra karščiavimas, meningitas, galvos traumos, hidrocefalija ir užpakalinės duobės pažeidimai. Daugelis mažų vaikų kenčia nuo periodinių pilvo skausmo priepuolių, lydimų pykinimo ir vėmimo. Šie skausmai vaikams augant pamažu virsta įprastais migreniniais galvos skausmais. Daugumos šių vaikų giminės serga migrena. Taip pat yra ryšys tarp migrenos ir vaikams būdingos su kelionėmis susijusios ligos.
Vaikystėje būdingos migrenos prognozės neblogos. Švedijoje atliktas ilgalaikis 30 metų tyrimas parodė, kad trečdaliui pacientų galvos skausmai visiškai praeina, trečdaliui praeina, tačiau pasikartoja vėliau (galbūt dėl kontraceptinių tablečių vartojimo), o likusiems išlieka paauglystėje ir brandžiame amžiuje. Dėl puikių vaikų migrenos prognozių sudėtingiau atlikti profilaktinių vaistų bandymus, tačiau dauguma pediatrų neurologų skiria pizotifeną , amitriptiliną, ciproheptadiną arba propranololį, kurie padeda išvengti priepuolių, jei profilaktinis gydymas kliniškai pagrįstas.