Migreniniai galvos skausmai gali sustiprėti per menopauzę. Poodiniuose HRT vaistuose yra maždaug tiek pat estrogeno kiek kontraceptinėse tabletėse, todėl užuot malšinę jie gali sustiprinti migreninius skausmus. Geriamieji jungtiniai estrogeno preparatai gali turėti mažesnę įtaką migrenai negu nejungtiniai ir kartu mažinti nemalonias karščio bangas bei kitus strogeno trūkumo simptomus. Tačiau daliai moterų labiau tinka sintetinis po oda leidžiamas estrogenas. Pacientėms reikėtų skirti preparatų, turinčių mažiausią estrogeno dozę, kurios pakanka menopauzės simptomams pašalinti. Nereikėtų tikėtis, kad bet kokios formos HRT gali susilpninti migreną.